Название города происходит от названия станции железной дороги – Долгопрудная. В усадьбе Виноградово вблизи пруда Длинного была основана эта станция. В 1931 году на другой стороне станции основали поселок Дирижаблестрой. Примерно через год начал функционировать комбинат по производству дирижаблей. История Долгопрудного примечательна и тем, что в период с 1931 по 1936 год здесь творил итальянский исследователь Умберто Нобиле. Статус рабочего поселка этот населенный пункт получил в 1935 году. Свое нынешнее название г. Долгопрудный получил в 1938 году. Через два года здесь открыли Центральную аэрологическую обсерваторию.
В конце 1930-х годов в Долгопрудном начинают открываться и другие предприятия, среди которых гранитный завод, газовый завод, машиностроительный судоремонтный завод. В 1946 году в городе открывается факеультет МГУ (физико-технический). Инициатором этого выступил Капица П.Л. В 1951 году он становится самостоятельным ВУЗом – МФТИ (Московский физико-технический институт). Начиная с 1995 года, учебное заведение получает статус государственного университета.
Город Долгопрудный в 1953 году делают центром Краснополянского района. В 1957 году он получает статус города районного подчинения. Происходит существенное расширение границ города, сюда входят поселки Лихачево, Котово, Щапово, Гнилуши, Шереметьевский, село Павельцево.